Show simple item record

dc.contributor.authorKoçak, Mehmet
dc.contributor.authorCece, Sinem
dc.contributor.authorTürkay, Tuğçe
dc.date.accessioned2023-03-17T11:58:03Z
dc.date.available2023-03-17T11:58:03Z
dc.date.issued2021en_US
dc.identifier.citationKoçak, M., Cece, S. ve Türkay, T. (2021). A two-stage diagnosis strategy for COVID-19 and similar pandemics. Turkiye Klinikleri Journal of Biostatistics, 13(1), 82-90. https://dx.doi.org/10.5336/biostatic.2020-76644en_US
dc.identifier.issn2146-8877
dc.identifier.urihttps://dx.doi.org/10.5336/biostatic.2020-76644
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12511/10635
dc.description.abstractObjective: Coronavirus disease-2019 (COVID-19) outbreak emerged in Wuhan-China in December-2019, and has covered the world by rapidly becoming a pandemic, infecting >4.5 million by mid-May 2020, killing >300,000 globally, and >90 million people tested. Several rapid test kits based on antibody response have been developed but the reverse transcriptionpolymerase chain reaction (RT-PCR) approach for its superior sensitivity and specificity. As rapid detection of the virus is vital, we propose a two-stage testing framework that utilizes antibodydiagnostic kits and refers to RT-PCR only when a decision cannot be made. Material and Methods: In this study, using the Bayes formula and independent tests assumption, we developed several “repeat-testing” strategies to increase the overall sensitivity and specificity of both tests. We compared the false negatives, false positive, burden on the testing centres, and predicted cost among strategies. Results: We have shown that it is possible to increase the diagnostic capabilities of poor tests, “repeat” testing strategies. The primary advantage of such approaches is the faster diagnosis of cases, which allows for timely isolation, quarantine, and affiliation work. Also such strategies reduce the burden on the RT-PCR testing laboratories, thus, allowing them to focus their efforts to individuals that are more difficult to diagnose. The cost-comparison we conducted also suggests that this proposed is more cost-effective. Conclusion: The two-stage diagnostic strategy for COVID-19 is more efficient regarding pandemic management as it provides the testing results more quickly for the majority of suspected cases, allowing for timely isolation and affiliation work, and more cost-effective, reducing the burden on the healthcare system.en_US
dc.description.abstractAmaç: Koronavirüs hastalığı-2019 (COVID-19) pandemisi, 2019 Aralık ayında Çin’in Wuhan şehrinde ortaya çıkmış ve hızla yayılım sağlayarak tüm dünyayı etkisini altına almıştır. 2020 Mayıs ayının ortasına kadar dünya genelinde 4,5 milyondan fazla kişi COVID-19 salgınından etkilenmiş, 300.000 kişi vefat etmiş ve 90 milyona yakın kişiye test yapılmıştır. COVID-19 tanısını tespit etmek amacıyla antikor tabanlı birçok hızlı tanı kiti geliştirilmiş fakat ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu [reverse transcriptionpolymerase chain reaction (RT-PCR)] testinin duyarlılığının ve özgüllüğünün daha fazla olması nedeniyle RT-PCR testleri tercih edilmiştir. COVID-19 vakalarının hızlı bir şekilde tespitinin önemi sebebiyle COVID-19 vakalarının tespitinde hızlı tanı kitlerinin kullanıldığı, sadece karar verilemediğinde RT-PCR testine başvurulan 2 aşamalı bir test stratejisi öneriyoruz. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada, Bayes formülü ve bağımsız testler varsayımı altında, COVID-19 tanısı için kullanılan antikor ve RT-PCR testlerinin duyarlılık ve özgüllüklerini artırmak amacıyla, 2 aşamalı ve tekrarlı bir test stratejisi geliştirilmiştir. Çalışma kapsamında, yanlış negatifler, yanlış pozitifler, laboratuvarlar üzerindeki test yükü ve önerilen tanı stratejileri arasındaki tahmini maliyetler karşılaştırılmıştır. Bulgular: Bu çalışmada, 2 aşamalı ve tekrarlı test stratejisi önerimizle, zayıf testlerin tanısal yeteneklerinin artırılmasının mümkün olduğu gösterilmiştir. Böyle bir yaklaşımın sağladığı ilk avantaj; alandaki izolasyon, karantina ve filyasyon çalışmalarıdır. Ayrıca bu stratejinin RT-PCR laboratuvarların üzerindeki yükü azaltabileceği ve laboratuvarların çabalarını teşhis konulması daha zor olan bireylere odaklayabileceği gösterilmektedir. Çalışma kapsamında yapılan maliyet karşılaştırmasıyla, önerilen yaklaşımın sağlık sisteminde test maliyetlerini düşürdüğü gösterilmiştir. Sonuç: COVID-19 için 2 aşamalı tanı stratejisinin, şüpheli vakaların çoğunda test sonuçlarının daha hızlı elde edilmesini sağladığından, zamanında izolasyon ve filyasyon çalışmalarına fırsat sağladığından ve uygun maliyeti ile sağlık sistemi üzerindeki yükü azaltacağından dolayı, daha verimli olabileceği sonucuna varılmıştır.en_US
dc.language.isoengen_US
dc.publisherTürkiye Kliniklerien_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International*
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/*
dc.subjectCOVID-19en_US
dc.subjectAntibody Testen_US
dc.subjectReverse Transcription- Polymerase Chain Reaction Testen_US
dc.subjectSensitivityen_US
dc.subjectSpecificityen_US
dc.subjectCOVID-19en_US
dc.subjectAntikor Testien_US
dc.subjectTers Transkripsiyon- Polimeraz Zincir Reaksiyon Testien_US
dc.subjectDuyarlılıken_US
dc.subjectÖzgüllüken_US
dc.titleA two-stage diagnosis strategy for COVID-19 and similar pandemicsen_US
dc.title.alternativeCOVID-19 ve benzeri pandemiler için iki-kademeli bir tanı testi stratejisien_US
dc.typearticleen_US
dc.relation.ispartofTurkiye Klinikleri Journal of Biostatisticsen_US
dc.departmentİstanbul Medipol Üniversitesi, Rektörlük, Rejeneratif ve Restoratif Tıp Araştırmaları Merkezi (REMER)en_US
dc.departmentİstanbul Medipol Üniversitesi, Rektörlük, Sağlık Sistemleri ve Politikaları Araştırma Merkezien_US
dc.departmentİstanbul Medipol Üniversitesi, Rektörlük, Teknoloji Transfer Ofisien_US
dc.authorid0000-0002-3386-1734en_US
dc.authorid0000-0002-5421-4392en_US
dc.authorid0000-0002-2007-4360en_US
dc.identifier.volume13en_US
dc.identifier.issue1en_US
dc.identifier.startpage82en_US
dc.identifier.endpage90en_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.identifier.doi10.5336/biostatic.2020-76644en_US
dc.institutionauthorKoçak, Mehmet
dc.institutionauthorCece, Sinem
dc.institutionauthorTürkay, Tuğçe
dc.identifier.trdizinid491690en_US


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

info:eu-repo/semantics/openAccess
Except where otherwise noted, this item's license is described as info:eu-repo/semantics/openAccess