Yazar "Demirci, Mehmet" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 8 / 8
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    A retrospective analysis of anaerobic bacteria isolated in 236 cases of pleural empyema and their prevalance of antimicrobial resistance in Turkey
    (Clinical Laboratory Publ, 2018) Demirci, Mehmet; Gemicioğlu, Bilun; Sarıbaş, Suat; Halis, Ayşe Nigar; Taner, Zeynep; Mamal Torun, Müzeyyen; Karatoka, Belma; Aşık Çağlı, Linda; Güven, Özlem; Demiryas, Süleyman; Kocazeybek, Bekir Sami; Bahar Tokman, Hrisi
    Background: Parapneumonic effusions usually occur secondary to an infection and produce pus (empyema) that accumulates in the pleural space. We aimed to evaluate the prevalence of anerobes in patients with empyema and to assess their resistance patterns for seven antimicrobials. Methods: Pleural fluid specimens from 236 patients were inoculated on Schaedler agar. Anaerobic bacteria were identified via API 20 A. Susceptibility testing for penicillin, ampicillin + sulbactam, amoxicillin + clavulanate, cefoxitin, clindamycin, metronidazole, and imipenem were performed with the E-test. Results: There were 118 anaerobic bacterial strains detected in 66 (27.9%) of the 236 specimens. Gram-positive anaerobic cocci were detected in 54.23% and the predominant cocci were 41 Peptostreptococcus spp, (34.75%) followed by 17 P. acnes (14.41%) and 6 C. tertium (5.08%). The Gram-negative anaerobes were B. fragilis (28, 23.73%), P. melaninogenica (8, 6.78%), P. intermedia (4, 3.39%), F. nucleatum (6, 5.08%), F mortiferum (5, 4.24%), and P. asaccharolytica (3, 2.54%). All anaerobic strains were susceptible to ampicillin + sulbactam, amoxicillin + clavulanate, and imipenem. The highest MIC was found to be> 256 mu g/mL for penicillin in B. fragilis strains, 128 mu g/mL for cefoxitin in P. melaninogenica strains, 32 mu g/mL for clindamycin and 64 mu g/mL for metronidazole in P. acnes strains. Clindamycin resistance was detected in 46.6% B. fragilis, and 17.6% for P. acnes. Thirty-eight (32.2%) strains produced beta-lactamase. Conclusions: The use of antimicrobial agents for thoracic empyema should be based on the isolated pathogens and their resistance profiles. Clinicians should be aware of the wide diversity of anaerobic genera and species in cases of pleural empyema.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran SARS-CoV-2 IgG reaktif bireylerde, demografik ve klinik verilerin retrospektif analizi: 1 yıllık değerlendirme
    (Bilimsel Tıp Yayınevi, 2023) Akçin, Rüveyda; Ziver, Tevhide; Aydoğan, Okan; Zurnacı, Fatma Özlem; Özbey, Doğukan; Dinç, Harika Öykü; Daşdemir, Ferhat; Demirci, Mehmet; Sirekbasan, Serhat; Kocazeybek, Bekir Sami
    Giriş: SARS-CoV-2 IgG testleri bireyin önceden COVID-19 hastalığını geçirip geçirmediğini, aşı uygulaması sonucu oluşan antikor düzeyini ve toplumdaki COVID-19 seroprevalansını saptamak amacıyla kullanılmaktadır. Çalışmamızda Seroloji/ELISA laboratuvarına infeksiyon şüphesi, infeksiyon geçmişi veya aşı sonrası SARS-CoV-2 IgG düzeyinin saptanması amacıyla başvuran olguların, SARS-CoV-2 IgG düzeylerinin, demografik ve klinik verilerle birlikte retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Çalışmaya 4 Ocak 2021-31 Aralık 2021 tarihleri arasında birimimize SARS-CoV-2 IgG test istemiyle başvuran ve antikor testi reaktif saptanan olgular alınmıştır. Olguların demografik ve klinik verileri, geriye dönük sorgulanarak elde edilmiştir. Antikor tespiti için ELISA ve CMIA prensipli test kitleri kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmaya SARS-CoV-2 IgG testi reaktif saptanan 549 kişi alınmıştır. Bunların 308’i (%56.10) kadın, 241’i (%43.90) erkek olup yaş ortalamaları 42.31 olarak saptanmıştır. 549 olgunun 159’u (%28.96) ELISA, 390’ı (%71.04) ise CMIA test kitiyle analiz edil- miştir. ELISA yöntemi ile antikor düzeyi belirlenen dönemde infeksiyonu geçiren kişilerde antikor değerleri, aşı sonrası belirlenen antikor değerlerine göre yüksek saptanırken (p< 0.01), 61 yaş ve üstü kişilerin antikor değerleri 18-50 yaş gruplarına göre yüksek bulunmuştur (p< 0.05). Aşı sonrası antikor test sonuçları karşılaştırıldığında medyan değerleri arasında farklılık olsa da aşı türleri arasında fark saptanmamıştır (p> 0.05). Sonuç: COVID-19 infeksiyon sonrasında hem humoral hem hücresel immün yanıt geliştiğinden ötürü çalışmamızda ELISA yöntemiy- le çalışılan dönemde infeksiyonu geçiren kişilerin antikor titreleri aşı sonrasına göre yüksek saptanmıştır. Bu sonucun bu dönemde CoronaVac inaktif aşısının uygulanması ve bu aşının daha fazla humoral immün yanıt oluşumuna neden olmasıyla ilişkili olabileceği, ayrıca 61 yaş ve üstü bireylerin antikor düzeylerinin diğer yaş gruplarına göre yüksek saptanmasının aşılanma sürecinde bu yaş aralığı- nın öncelikli olmasından kaynaklandığını düşünmekteyiz. Farklı dönemlerde uygulanan aşı türlerine karşı oluşan antikor titreleri arasında anlamlı farklılık saptanmasa da hatırlatma doz uygulaması sonrasında antikor titrelerinin daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Genel popülasyonun hem seroprevalans hem de bağışık yanıtının belirlenmesi için standardizasyona uygun, kantitatif sonuç veren kitlerle geniş ölçekli çalışmaların yapılması gerektiği kanaatindeyiz.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Comparison of S gene mutations in patients with occult and chronic hepatitis B virus infection
    (Elsevier B.V., 2022) Çakal, Bülent; Çavuş, Bilger; Atasoy, Alp; Altunok, Damla; Poda, Mehveş; Bulakçı, Mesut; Gülluoğlu, Mine; Demirci, Mehmet; Türker Şener, Leyla; Arslan, Aslı Berru; Arıkan, Muzaffer; Akyüz, Filiz
    Background and aim: This study aimed to detect mutations in the HBV S gene and evaluate their relationship to occult hepatitis B virus (HBV) infection (OBI). Methods: The study included 32 patients with negative serum HBsAg and HBV DNA who underwent liver biopsy due to different clinical indications defined as the OBI group and 32 patients who underwent liver biopsy due to chronic hepatitis B (CHB) as the comparison group. The HBV S gene region was amplified by Nested PCR, and Sanger sequencing was performed. Results: At least one amino acid (aa) mutation was detected in the major hydrophilic region (MHR) of the HBV S gene in 14/32 (43.75%) of the patients with OBI and 8/32 (25.0%) with CHB. The genotype of all patients with OBI and CHB was HBV/D. Although 9 (28.1%) of the cases with OBI had sub-genotype HBV/D3, none of the patients with CHB had sub-genotype HBV/D3. Unlike patients with CHB, L15*, D33N, Q51P, V63F, L91I, P108S, T115I, P120L, T125M, Q129H, T189I, L216F, P217L mutations were detected in the HBV S gene in OBI cases. Also, P127T aa polymorphism was frequently detected. Mutation frequency in the HBV S gene in the major hydrophilic region (MHR) was higher in patients with OBI with sub-genotypes HBV/D3 and D2 than those with HBV/D1 and those with serotype HBV/ayw3 compared to those with HBV/ayw2 (p < 0.05). Conclusions: Sub-genotypic-specific mutation patterns were seen in the “a” determinant region and T helper cell epitopes of HBsAg, especially in the C-terminus domain; this may be associated with OBI.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Detection of O25b-ST131 clone, CTX-M-1 and CTX-M-15 genes via real-time PCR in Escherichia coli strains in patients with UTIs obtained from a university hospital in Istanbul
    (Elsevier Ltd, 2019) Demirci, Mehmet; Ünlü, Özge; İstanbullu Tosun, Ayşe
    Background: Escherichia coli sequence type 131 is an important multidrug resistant clone responsible from more than half of ESBL-producing E.coli isolates. Aim of this study was to investigate the presence of O25b-ST131 clone, CTX-M-15 and CTX-M-1 genes in the E. coli strains isolated from both hospital and community acquired UTIs by real-time PCR and to reveal molecular epidemiological data. Methods: Non-duplicate E. coli (n = 101) strains isolated from UTI patients were included. Bacterial identifications were performed with VITEK Compact. Antimicrobial susceptibility tests, phenotypic ESBL and E-tests were performed conventionally. Real-time PCR was utilized to detect presence of O25b-ST131 clone, blaCTX-M-15 and blaCTX-M-1. Results: O25b-ST131 clone, CTX-M-1 and CTX-M-15 were detected in 22%, 73%, 37% in UTIs, respectively. Presence of O25b-ST131 clones and CTX-M-1 genes among E. coli strains isolated from inpatients were found statistically higher than outpatients. The most effective choice was found to be fosfomycin and nitrofurantoin in outpatients and inpatients, respectively. The MIC 90 values of Amikacin, Cefotaxime, Cefepime and Ciprofloxacin were higher in inpatients than in oupatients, whereas Cefotaxime and Ciprofloxacin MIC 50 values were found to be higher in inpatients than in outpatients. The highest increase of MIC 90 values was observed in O25b-ST131, CTX-M-1 and CTX-M-15 coexistence. Conclusion: The presence of O25b-ST131 clone, CTX-M-1 and CTX-M-15 genes in E. coli strains in patients with UTI has been revealed. In the presence of the O25b-ST131 clone, a significant increase was observed in the ciprofloxacin MIC values indicating the importance of monitorization of the clone using molecular epidemiology.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Epidemic Klebsiella pneumoniae ST258 incidence in ICU patients admitted to a university hospital in Istanbul
    (Journal of Infection in Developing Countries, 2021) Ünlü, Özge; Ersöz, Berken Rabun; İstanbullu Tosun, Ayşe; Demirci, Mehmet
    Introduction: Klebsiella pneumoniae sequence type 258 (ST258) strains are globally distributed multi-drug resistant pathogens and can spread rapidly throughout the world, causing severe healthcare-associated invasive infections with limited antimicrobial treatment options. The aim of this study was to reveal the incidence of Klebsiella pneumoniae ST258 strains among the intensive care unit patients in a university hospital in Istanbul. Methodology: Consecutive nonreplicated 83 K. pneumoniae strains were isolated from various clinical samples of intensive care unit patients admitted to a university hospital in Istanbul, between November 2016 to December 2018. Bacterial identifications were performed via VITEK2. Antimicrobial susceptibility tests were conducted with Kirby Bauer & rsquo;s disc diffusion test except for colistin which was performed with broth microdilution. Real-time PCR method was utilized in order to reveal ST258 positivity among the strains. Results: Antimicrobial susceptibility results revealed that 56 (67%) K. pneumoniae strains were carbapenem-resistant. Real-time PCR results demonstrated that 15 out of 83 (18%) K.pneumoniae strain were ST258. According to antimicrobial susceptibility test results of ST258 strains, 8 were found as carbapenem-resistant whereas 7 were found as carbapenem susceptible. 3 out of 8 (37.5%) carbapenem-resistant ST258 strains were found as resistant against all antibiotics tested. Conclusions: Our study revealed that K. pneumoniae ST258 which caused severe infections worldwide so far has also spread to Istanbul. We believe that rapid molecular methods for monitorization of these clones are useful. our results showed that ST258 is not linked to a multiresistant strain and suggested that it does not contribute to multi-resistance formation alone.
  • Küçük Resim
    Öğe
    İdrar yolu infeksiyonlarından izole edilen Escherichia Coli ve Klebsiella Pneumoniae suşlarının antimikrobiyal direnç oranları
    (2016) İstanbullu Tosun, Ayşe; Demirci, Mehmet; Yılmaz, Mesut; Şen, Hatice; Sirekbasan, Leyla; Gözün Şaylan, Ezgi; Gökçeağaçlı, Cemile; Şengil, Ahmet Zeki
    İdrar yolu infeksiyonları (İYİ) ülkemizde ve dünyada yatan ve ayaktan hastalarda en sık rastlanan infeksiyonların başında gelmekte ve önemli bir morbidite nedeni olarak karşımıza çıkmaktadır. İdrar yolu infeksiyonlarına neden olan etkenler sıklıkla bağırsak florasından kaynaklı endojen bakteriler olan Gram negatif çomaklar ve enterokoklardır. Gram negatif çomaklar arasında da en sık izole edilen etken Escherichia coli’dir. İdrar yolu infeksiyonlarında komplikasyon gelişme olasılığını azaltmak için sıklıkla ampirik antimikrobiyal tedavisi tercih edilmektedir. Antibiyogram sonucu ve etken bilinmeden başlanan ampirik tedavi, gereksiz ve uygunsuz antimikrobiyal kullanımına neden olabilmektedir. Bu gereksiz kullanım da antimikrobiyallerdeki direnç oranlarını arttırmaktadır. Çalışmamızda hastanemizdeki bu oranın sap- tanarak ampirik olarak seçilecek antibiyotiğin doğru seçilerek tedaviye yardımcı olması amaçlanmıştır. Haziran 2012-Şubat 2014 tarihleri arasında mikrobiyoloji laboratuvarına ayaktan ve yatan hastalardan İYİ ön tanısı ile gönderilen 11,916 adet orta akım idrar örneği çalışmaya alınmıştır. Kromojenik agar ve Mueller Hinton agar sırasıyla tanımlama ve antimikrobiyal direncin tespiti için kullanılmıştır. Laboratuvarda, idrarlar 0.01 ?L’lik standart öze kullanılarak ChromAgar Orientation (Becton Dickinson, USA) besiyerine kantitatif yöntemle ekilerek 37°C’de 24-48 saat aerobik koşullarda inkübe edilmiştir. Aynı anda her idrar örneği için yayma hazırlanarak Gram boyama yapılmıştır. 100,000 CFU/ml ve üzerinde bir veya iki çeşit mikroorganizmanın ürediği kültürler not alınmıştır. Çalışmamıza dahil edilen 11,916 İYİ şüpheli hastadan alınan idrar örneğinin 1,157’sinde (% 9.7) E.coli, 267’sinde (% 2.25) Klebsiella pneumo- niae saptanmıştır. Ayaktan ve yatan hastalardan başvuran bireylerde sırasıyla 970 (% 8.15) ve 187 (% 1.5) E.coli; 192 (% 1.61) ve 75 (% 0.62) K.pneumoniae bulunmuştur. Antimikrobiyallere olan direnç incelendiğinde; E.coli suşları için ayaktan hastalarda; imipeneme 5 (% 0.5) suçta direnç bulunmuş olup en etkili, ampisiline 559 (% 57.6) suşta direnç bulunmuş olup en etkisiz antimikrobiyal olarak saptanmıştır. Yatan hastalardan izole edilen iki (% 1.1) suşta nitrofurantoine direnç bulunmuş olup en etkili, ampisilin 139 (% 74.3) suşta direnç bulunmuş olup en etkisiz antimikrobiyal olarak saptanmıştır. K.pneumoniae suşları için ayaktan hastalarda izole edilen suşlara en etkili antimikrobiyal amika- sin (dirençli 7 suş, % 3.6) iken, en etkisiz olan ampisilin-sulbaktam (dirençli 75 suş % 39) olarak belirlenmiştir. Yatan hastalardan izole edilen K.pneumoniae suşlarında amikasin % 9.1 (n=7) direnç oranı ile en etkili, seftriakson % 64.9 (n=50) direnç oranı ile en etkisiz bulunmuştur. Bu çalışmada hastanemizde idrar örneklerinden izole edilen E.coli ve K.pneumoniae suşlarının antimikrobiyallere direnç oranları saptanmıştır. Bu suşların artan direnç problemleri nedeni ile direnç durumlarının takibi çok önemlidir. Çalışmamızda sunulan sonuçların klinisyenlere, ampirik tedavide akılcı antibiyotik kullanımı için yardımcı olacağını düşünmekteyiz.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Investigation of formation of well-known AGEs precursors in cookies using an in vitro simulated gastrointestinal digestive system
    (Elsevier Ltd, 2022) Yaman, Mustafa; Demirci, Mehmet; Ede Çintesun, Elif; Kurt, Edanur; Mızrak, Ömer Faruk
    The present study investigated the influence of in vitro stimulated digestion system on the content of glyoxal and methylglyoxal in commercial cookies. Glyoxal and methylglyoxal levels in different cookie samples were analyzed before and after in vitro digestion with High Performance Liquid Chromatography. Initial glyoxal and methylglyoxal values ranged between 42.9 and 126.6 µg/100 g, and between 22.9 and 507.3 µg/100 g, respectively. After in vitro digestion, formation of glyoxal and methylglyoxal values were increased up to 645% and 698%, respectively. The results revealed that in vitro stimulated digestion conditions strongly increased the amount of glyoxal and methylglyoxal in cookies. The amount of fructose was found to be more effective on the formation of both GO and MGO than those of glucose and sucrose. Further studies are needed to extensively investigate glyoxal and methylglyoxal formation under in vitro conditions in such foods.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Türkiye popülasyonunda HLA-DQ polimorfizmlerinin Hepatit B virüs enfeksiyonu ile ilişkisi
    (İstanbul Üniversitesi, 2022) Çakal, Bülent; Arıkan, Muzaffer; Atasoy, Alp; Çavuş, Bilger; Poda, Mehveş; Bulakçı, Mesut; Güllüoğlu, Mine; Demirci, Mehmet; Akyüz, Filiz
    Amaç Konak genetik faktörleri hepatit B virüs (HBV) enfeksiyonunun doğal seyri ve HBV ilişkili karaciğer hastalıklarının gelişme riski ile progresyonu üzerinde etkili olabilmektedir. Bu çalışmada HLA-DQ gen rs9272105, rs2856718 ve rs9275572 polimorfizmlerinin HBV doğal klirensi, viral yük ve HBV ile ilişkili karaciğer hasarı gelişimi ile ilişkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem Çalışmaya 150 kronik hepatit B (KHB) hastası ile kontrol grubu olarak 58’i kronik hepatit C (KHC) ve 82’si farklı klinik endikasyonlar nedeniyle karaciğer biyopsi işlemi gerçekleştirilen 140 hasta dâhil edildi. HLA-DQ rs9272105, rs2856718 ve rs9275572 genotip ve polimorfizmlerinin belirlenmesinde TaqMan SNP genotiplendirme yöntemi kullanıldı. Bulgular KHB’li ve kontrol grubundaki hastaların HLA-DQ gen rs9272105, rs2856718 ve rs9275572 genotip ve allel frekansları arasında farklılık tespit edildi (P<0,05). HLA-DQ rs9272105 AA genotip ve A allel varlığı, hepatit B yüzey antijen (Hepatitis B surface antigen; HBSAg) klirensi ve karaciğer hasarı ile ilişkiliydi (p<0,05). HLA-DQ gen rs2856718 ve rs9275572 ise HBV klirensi ve hastaların histolojik sonuçlarıyla ve ayrıca rs9272105 de dâhil hastaların viral yükleriyle ilişkili değildi. Sonuç HLA-DQ rs9272105 AA genotip ve A allel gerek HBV enfeksiyonunun kronikleşmesi gerekse HBV ilişkili karaciğer hasarının gelişmesi için risk faktördür.