Yazar "Demircan, Turan" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 20 / 24
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe A comparative study of fixatives for axolotl blastema tissue(Soc Chilena Anatomia, 2017) Keskin, İlknur; Yıldırım, Berna; Kolbaşı, Bircan; Öztürk, Gürkan; Demircan, TuranRegeneration is defined as tissue renewal and functional restoration process of the damaged parts of the body after an injury. Ambystoma mexicanum, commonly named the Axolotl, is one of the unique vertebrates, which has a remarkable ability to regenerate their extremities following the amputation. Although the process of regeneration includes several periods, it can be divided into two main phases; blastema formation and dedifferentiation. In the couple of hours following the amputation, wound closure occurs by migration of epithelial cells around the amputation site followed by macrophage infiltration and dedifferentiation of cells to turn into stem cells. Accumulated stem cells form a very authentic tissue type called blastema, which is crucial for successful regeneration. In order to evaluate this exceptional tissue and acquire high quality images, it is crucial to employ specific procedures to prepare the tissue for imaging. Here, in this study, we aimed to investigate success of various fixative solutions (Carnoy's, Bouin's, % 10 NBF, Clarke's, Alcoholic Formaline and AFA) to monitor the fixed blastema. Our data reveals that integrity of the blastema tissue differs among used fixatives and a significant difference is observed between the samples in terms of staining quality.Öğe A histological atlas of the tissues and organs of neotenic and metamorphosed axolotl(Elsevier GmbH, 2016) Demircan, Turan; İlhan, Ayşe Elif; Aytürk, Nilüfer; Yıldırım, Berna; Öztürk, Gürkan; Keskin, İlknurAxolotl (Ambystoma Mexicanum) has been emerging as a promising model in stem cell and regeneration researches due to its exceptional regenerative capacity. Although it represents lifelong lasting neoteny, induction to metamorphosis with thyroid hormones (THs) treatment advances the utilization of Axolotl in various studies. It has been reported that amphibians undergo anatomical and histological remodeling during metamorphosis and this transformation is crucial for adaptation to terrestrial conditions. However, there is no comprehensive histological investigation regarding the morphological alterations of Axolotl organs and tissues throughout the metamorphosis. Here, we reveal the histological differences or resemblances between the neotenic and metamorphic axolotl tissues. In order to examine structural features and cellular organization of Axolotl organs, we performed Hematoxylin & Eosin, Luxol-Fast blue, Masson's trichrome, Alcian blue, Orcein and Weigart's staining. Stained samples from brain, gallbladder, heart, intestine, liver, lung, muscle, skin, spleen, stomach, tail, tongue and vessel were analyzed under the light microscope. Our findings contribute to the validation of the link between newly acquired functions and structural changes of tissues and organs as observed in tail, skin, gallbladder and spleen. We believe that this descriptive work provides new insights for a better histological understanding of both neotenic and metamorphic Axolotl tissues.Öğe Aksolot kol rejenerasyonu sürecinde mikrobiyota etkisinin mikrobiyom ve transkriptom dinamiği açısından araştırılması(İstanbul Medipol Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2021) Gül, Sultan; Ayşit, Neşe; Demircan, TuranAksolotl; omurgalı sınıfından, iki yaşamlı, rejenerasyon yeteneği yüksek bir hayvandır. Aksolotl normal şartlar altında metamorfoz geçirmeyip dışarıdan tiroid hormonu uygulaması ile metamorfoza uğratılabilmektedir. Fakat canlı metamorfoz geçirdikten sonra rejenerasyon yeteneğinde, özellikle de kol rejenerasyonunda önemli bir azalma olmaktadır. Canlının sahip olduğu rejenerasyon yeteneğini anlamak için çeşitli açılardan araştırmalar yapılmıştır. Canlı mikrobiyomunun bu sürece katkısı ise merak edilen ve araştırılan bir konudur. Aksolotl organlarının mikrobiyomu metamorfoz sonrasında yeniden şekillendiği bilinmektedir. Metamorfoz ile birlikte azalan rejenerasyon yeteneğinin, mikrobiyal değişim ile ilişkisi bu tez çalışmasının konusudur. Bu kapsamda metamorfoz öncesi ve sonrasında aksolot yaşam ortamı mikrobiyom değişimi ile, rejenerasyon sırasında değişen mikrobiyota profili ve gen ifadesi araştırılmıştır. Böylece hem yaşam ortamındaki hem de rejenerasyon sırasındaki mikrobiyal değişim ele alınarak bütünsel bir bakış açısı ile rejenerasyon yeteneği incelendi. Bu çalışma kapsamında elde edilen sonuçlara göre, metamorfoz ile birlikte hem canlı organlarında hem de canlı yaşam ortamında mikrobiyota değişmektedir.Öğe Aksolot'da omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların yeni-nesil RNA dizileme ile tanımlanması(İstanbul Medipol Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2018) Hacıbektaşoğlu, Harbiye; Demircan, TuranAksolot beyin ve omurilik de dahil olmak üzere birçok organ ve uzuvlarını rejenere edebilme kapasitesi sayesinde araştırmacıların model organizma olarak kullandığı önemli bir canlıdır. Aksolotun böylesine bir rejeneratif kapasiteye sahip olmasının altında yatan moleküler mekanizmaların ne olduğu konusunda araştırmalar halen devam etmektedir. Memelilerin genel olarak rejenerasyon kapasitesinin kısıtlı olması ve özelde de merkezi sinir sistemi hasarlarını tamamen düzeltememelerine karşılık aksolotda merkezi sinir sistemi rejenerasyonu başarısını sağlayan gen ve yolaklar merak uyandırmaktadır. Transkriptom canlıların belirli bir organ, doku ya da hücre veya belirli bir zaman dilimi için ifade RNA profilinin tümüne verilen isimdir. Bu çalışmada da transkriptom analizinden faydalanarak sinir rejenerasyonunda yer alan çeşitli faktörlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Bunun için neotenik aksolotlar kuyruk bölgesinden kesilmiş olup; 0.gün, 1.gün, 4.gün ve 7.gün örnekleri alınarak bu örnekler için RNA dizileme çalışması yapılmıştır. Tanımlanan RNA'lardan anlamlı olarak ifade edilenler, PANTHER Sınıflandırma Sistemi'yle moleküler fonksiyon, biyolojik süreç, hücresel bileşen ve protein sınıf analizi belirlenmiş, STRING veri tabanı ile de protein-protein etkileşimi analiz edilmiştir.Öğe Aksolotl rejenerasyonunun farklı evrelerinde miRNA profilinin bulunması ve bulunan miRNA'ların görevlerinin in-siliko analizi(2017) Demircan, Turan; Avşaroğlu, Mahmut Erhan; Öztürk, Gürkan; Keskin, İlknurGiriş ve Amaç: Rejenerasyon, fonksiyonel bir kayıp yaşamadan hasarlı dokunun, organın ya da uzvun restore edilmesi işlemidir. Su semenderlerinden olan Aksolotl kendisini öldürmeyecek iç organ, merkezi sinir sistemi ve uzuv hasarlarını başarı ile tamir edebilmektedir. miRNA'lar hedef mRNA'ların translasyon düzeyini düşürerek yazılım sonrası gen ifadesinin kontrolünde önemli roller üstlenirler. Biz de bu çalışmada Aksolotl'un kuyruk rejenerasyonu sırasında değişen miRNA profilini ve bu miRNA'ların moleküler yolaklara olası etkilerini araştırdık.Yöntem ve Gereçler: 6-8 aylık 60 adet Aksolotl'un kuyruk bölgesinden ampütasyon yapılmış ve hayvanlar 4 gruba ayrıldı. Ampütasyondan hemen sonra (0. gün) ve rejenerasyonun 1., 4. ve 7. günü örnek toplandı. Toplanan örneklerden yeni nesil dizileme yöntemi ile miRNA tespiti yapıldı. Bulunan miRNA'lar içinde rejenerasyonun farklı evrelerinde miktarı anlamlı olarak değişenlerin hangi yolakları regüle ettiği analiz edildi.Bulgular: Bulunan miRNA'lar içinden 52 tanesinin miktarı 1.5 kat ve üzeri değiştiği (arttığı veya azaldığı) için bu miRNA'lar yolak analizlerinde kullanıldı. Rejenerasyon ile birlikte artış gösteren miRNA'ların hemostazla ilişkili yolakları regüle ettiği görüldü. Rejenerasyon sürecinde azalış gösteren miRNA'ların ise hücre bölünmesi ve hücre bölünmesinin kontrolü ile ilgili yolakları regüle ettiği bulundu.Tartışma ve Sonuç: miRNA'lar canlılıkta birçok görev (hemostaz, gelişim, büyüme ve hastalık durumunun regülasyonu vb.) üstlenirler. miRNA profilinin değişmesi rejenerasyonun başarı ile sürmesi ve tamamlanması için gerekli bir mekanizmadır.Öğe Aksolotl'da kuyruk rejenerasyonunu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemi ile tanımlanması(İstanbul Medipol Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2017) Avşaroğlu, Mahmut Erhan; Demircan, TuranAmbystoma mexicanum(aksolotl) su semenderleri sınıfından yaşamı boyunca neotenik özelliğe sahip olan bir canlıdır. Deneysel araştırmalarda sahip olduğu yüksek rejenerasyon yeteneği ve kansere karşı gösterdiği dayanıklılık sebebiyle model organizma olarak kullanılmaktadır. Aksolotlar maruz kaldıkları hasarlar sonrası iç organlarını, ekstremitelerini, merkezi sinir sistemlerini ve omuriliklerini eski fonksiyonel özelliğini tekrardan gösterecek şekilde yenileyebilmektedirler. Sahip oldukları bu özelliğin moleküler ve hücresel sinyal mekanizmaları geçmiş dönemlerde teknolojik imkanların yetersiz olması sebebiyle tam olarak anlaşılamamıştır. Günümüzün çığır açan omiks teknolojisi insanlığa bu durumun üstesinden gelebilecek imkanlar sunmaktır. Omiks teknolojisinin en çok çalışılan dallarından birisi olan proteomiks teknolojisi; hücresel olayların ve etkileşimlerin protein düzeyinde anlaşılması için kullanılmaktadır. Bu çalışmada aksolotl canlısının sahip olduğu rejenerasyon yeteneğini anlaşılması için canlının omurilik içeren kuyruk bölgesi ampüte edilmiştir. Rejenerasyon süresince 0. gün, 1. gün , 4. gün ve 7. gün olacak şekilde farklı zaman aralıklarında alınan örneklerden hücresel olaylar ve etkileşimlerde görev alan proteinler proteomiks yöntemi ile tanımlanmış, aksolotl proteom veritabanı genişletilmiştir. Anlamlı düzeyde değiştiği tanımlanan proteinler içerisinden omurilik yenilenmesinde görev alabilecek sinirsel görev ile ilgili proteinler seçilerek gen ontoloji analizleri yapılmış; moleküler fonksiyon süreçlerinde, hücresel bileşen olarak katıldıkları süreçlerde ve biyolojik süreçlerde aldıkları görevler analiz edilmiştir.Öğe Aksolotta omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemleri ile tanımlanması(İstanbul Medipol Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2018) Fesçioğlu, Ece Cana; Demircan, TuranAksolot (Ambystoma mexicanum), amfibi sınıfı, semender grubuna mensup bir rejenerasyon kapasitesi son derece yüksek olan bir omurgalı canlı türüdür. Yenilenme ve doku tamir mekanizması hala tam olarak anlaşılmamakla birlikte, bir hasar durumunda uzuvlarını (ön ve arka ayaklarını), kuyruğunu, iç organlarını ve merkezi sinir sistemi organları olan beyin ile omuriliği yenileme yeteneğine sahiptir. Aksolotta ampute edilmiş bir organın tekrar oluşumunun başarılı olması rejenerasyona spesifik bir doku olan blastema dokusunun oluşmasıyla ilişkilidir. Aksolotların çok sayıda fonksiyonel ve yapısal protein ile sinyal yolağının memelilerle aynı olması aksolotlarla yapılan deneylerden elde edilecek bilgilerin memelilerde uygulanma potansiyelini artırmaktadır. Bu tez kapsamında omurilik hasarının sürecinde önemli roller oynayan mekanizmaların bulunabilmesi için neotenik ve metamorfik aksolotta omurilik hasarı sonrası farklı zaman aralıklarında (0.saat, 6.saat, 12.saat, 24.saat, 4.gün ve 7.gün) hasar bölgesinden blastema örnekleri alınmış, bu örneklerin proteomiks çalışmaları yapılarak, omurilik rejenerasyonunda rol oynayan proteinlerin tanımlanması amaçlanmıştır. Cerrahi operasyonlar sonrasında hem neotenik hem de metamorfik aksolotların omuriliklerini rejenere edebildiği görülmüştür. Metamorfik aksolotlarda cerrahi operasyon sonrası abdomen bölgesinde sıvı birikimi gözlemlenmesinin, metamorfozu ile beraber değiştiği düşünülen immün sistem ile ilişkili olabileceği öne sürülmüştür. Buna ek olarak yapılan proteom dizi analizlerinde TRIzol protein izolasyonunu takiben izlenen FASP örnek hazırlama protokolü arasındaki uyumsuzluk olduğu görülmüştür. TRIzol protein izolasyonunu takiben FASP protokolüne geçilmesi tanımlanabilecek protein sayısını düşürdüğü, FASP protkolü hem protein izolasyonu ve hem de örnek hazırlığı için tercih edildiğinde ise tanımlanan protein sayısının arttığı görülmüştür.Öğe Association between the anthropometric measurements and dietary habits on telomere shortening in healthy older adults: A-cross-sectional study(Wiley, 2023) Barçın Güzeldere, Hatice Kübra; Aksoy, Meral; Demircan, Turan; Yavuz, Mervenur; Beler, MahmutAim: This study aimed to evaluate the effect of anthropometric measurements and dietary habits on telomere length in healthy older residents in rural and urban areas. Methods: This was a cross-sectional study. The study population included 81 healthy older individuals aged >= 80 years. A quantitative food frequency questionnaire was used to determine dietary habits. Anthropometric measurements were taken by researchers. The telomere length of individuals was determined from leukocytes using quantitative polymerase chain reaction. Results: Urban women had longer telomeres than rural women (P < 0.05). Rural men had significantly higher hip circumference, middle-upper arm circumference and fat-free mass than urban men (P < 0.05). It was shown that while fresh vegetable consumption was higher in rural areas, carbonated drink consumption was higher in urban areas (P < 0.05). In women, homemade bread and sugar consumption were higher in rural areas, and honey consumption was higher in urban (P < 0.05). Red meat, milk-based dessert and pastry consumption explain telomere shortening by 22.5%, 24.8% and 17.9%, respectively. In addition, the model based on anthropometric measurements also contributes to explaining telomere shortening by 42.9%. Conclusion: Red meat, milk-based dessert and pastry consumption, and waist circumference, hip circumference, waist-to-hip ratio and waist-to-height ratio are associated with telomere length. Longer telomeres are associated with a healthy, balanced, adequate diet and maintaining a healthy body weight/proportion, and they are crucial for achieving healthy aging.Öğe Axolotl cells and tissues enhances cutaneous wound healing in mice(2016) Demircan, Turan; Keskin, İlknur; Günal, Yalçın; İlhan, Ayşe Elif; Kolbaşı, Bircan; Öztürk, GürkanAdult mammalian skin wound repair is defective due to loss of the regulation in balancing the complete epithelial regeneration and excessive connective tissue production, and this repair process commonly results in scar tissue formation. However, unlike mammals, adult salamanders repair the wounds by regeneration compared to scarring. To elucidate the healing capability of a salamander, Axolotl, in a different species, here we addressed this question by treating the wounds in mice with Axolotl cells or tissues. Excisional lesions were created on each mouse, and animals in different groups treated by; a-) Axolotl blastema tissue, b-) Axolotl tail tissue, c-) Axolotl blastema cells, d-) Axolotl tail cells, e-) Serum physiologic, e-) Madecassol; respectively. 10 days after the treatments, wound healing success was compared by considering the wound closure rate, histopathological analysis, vascularization and gene expression profiling of cytokines. The results reveal that Axolotl cells or tissues delivered animals demonstrate an improved wound repair capacity. A better reepithelization, granule tissue formation, vascularization and even presence of hair follicles are observed in animals treated with Axolotl samples. Gene expression profiling data discloses the lower levels of pro-inflammatory cytokines in these animals which may indicate the immune-modulating role of Axolotl samples in wound healing.Öğe Comparison of protein expression profile of limb regeneration between neotenic and metamorphic axolotl(Elsevier, 2020) Sibai, Mustafa; Altuntaş, Ebru; Süzek, Barış Ethem; Şahin, Betül; Parlayan, Cüneyd; Öztürk, Gürkan; Baykal, Ahmet Tarık; Demircan, TuranThe axolotl (Ambystoma mexicanum) salamander, a urodele amphibian, has an exceptional regenerative capacity to fully restore an amputated limb throughout the life-long lasting neoteny. By contrast, when axolotls are experimentally induced to metamorphosis, attenuation of the limb's regenerative competence is noticeable. Here, we sought to discern the proteomic profiles of the early stages of blastema formation of neotenic and metamorphic axolotls after limb amputation by employing LC-MS/MS technology. We quantified a total of 714 proteins and qRT-PCR for selected genes was performed to validate the proteomics results and provide evidence for the putative link between immune system activity and regenerative potential. This study provides new insights for examination of common and distinct molecular mechanisms in regeneration-permissive neotenic and regeneration-deficient metamorphic stages at the proteome level.Öğe Detailed tail proteomic analysis of axolotl (Ambystoma mexicanum) using an mRNA-seq reference database(Wiley, 2017) Demircan, Turan; Keskin, İlknur; Dumlu, Seda Nilgün; Aytürk, Nilüfer; Avşaroğlu, Mahmut Erhan; Akgün, Emel; Öztürk, Gürkan; Baykal, Ahmet TarıkSalamander axolotl has been emerging as an important model for stem cell research due to its powerful regenerative capacity. Several advantages, such as the high capability of advanced tissue, organ, and appendages regeneration, promote axolotl as an ideal model system to extend our current understanding on the mechanisms of regeneration. Acknowledging the common molecular pathways between amphibians and mammals, there is a great potential to translate the messages from axolotl research to mammalian studies. However, the utilization of axolotl is hindered due to the lack of reference databases of genomic, transcriptomic, and proteomic data. Here, we introduce the proteome analysis of the axolotl tail section searched against an mRNA-seq database. We translated axolotl mRNA sequences to protein sequences and annotated these to process the LC-MS/MS data and identified 1001 nonredundant proteins. Functional classification of identified proteins was performed by gene ontology searches. The presence of some of the identified proteins was validated by in situ antibody labeling. Furthermore, we have analyzed the proteome expressional changes postamputation at three time points to evaluate the underlying mechanisms of the regeneration process. Taken together, this work expands the proteomics data of axolotl to contribute to its establishment as a fully utilized model.Öğe Downregulation of Yap1 during limb regeneration results in defective bone formation in axolotl(Elsevier Inc., 2023) Bay, Sadık; Öztürk, Gürkan; Emekli, Nesrin; Demircan, TuranThe Hippo pathway plays an imperative role in cellular processes such as differentiation, regeneration, cell migration, organ growth, apoptosis, and cell cycle. Transcription coregulator component of Hippo pathway, YAP1, promotes transcription of genes involved in cell proliferation, migration, differentiation, and suppressing apoptosis. However, its role in epimorphic regeneration has not been fully explored. The axolotl is a well-established model organism for developmental biology and regeneration studies. By exploiting its remarkable regenerative capacity, we investigated the role of Yap1 in the early blastema stage of limb regeneration. Depleting Yap1 using gene-specific morpholinos attenuated the competence of axolotl limb regeneration evident in bone formation defects. To explore the affected downstream pathways from Yap1 down-regulation, the gene expression profile was examined by employing LC-MS/MS technology. Based on the generated data, we provided a new layer of evidence on the putative roles of increased protease inhibition and immune system activities and altered ECM composition in diminished bone formation capacity during axolotl limb regeneration upon Yap1 deficiency. We believe that new insights into the roles of the Hippo pathway in complex structure regeneration were granted in this study.Öğe Efficient transgenesis and annotated genome sequence of the regenerative flatworm model Macrostomum lignano(Nature Publishing Group, 2017) Wudarski, Jakub; Simanov, Daniil; Ustyantsev, Kirill; De Mulder, Katrien; Grelling, Margriet; Grudniewska, Magda; Beltman, Frank; Glazenburg, Lisa; Demircan, Turan; Wunderer, Julia; Qi, Weihong; Vizoso, Dita B.; Weissert, Philipp M.; Olivieri, Daniel; Mouton, Stijn; Guryev, Victor; Aboobaker, Aziz; Scharer, Lukas; Ladurner, Peter; Berezikov, EugeneRegeneration-capable flatworms are informative research models to study the mechanisms of stem cell regulation, regeneration, and tissue patterning. However, the lack of transgenesis methods considerably hampers their wider use. Here we report development of a transgenesis method for Macrostomum lignano, a basal flatworm with excellent regeneration capacity. We demonstrate that microinjection of DNA constructs into fertilized one-cell stage eggs, followed by a low dose of irradiation, frequently results in random integration of the transgene in the genome and its stable transmission through the germline. To facilitate selection of promoter regions for transgenic reporters, we assembled and annotated the M. lignano genome, including genome-wide mapping of transcription start regions, and show its utility by generating multiple stable transgenic lines expressing fluorescent proteins under several tissue-specific promoters. The reported transgenesis method and annotated genome sequence will permit sophisticated genetic studies on stem cells and regeneration using M. lignano as a model organism.Öğe Experimentally induced metamorphosis in highly regenerative axolotl (ambystoma mexicanum) under constant diet restructures microbiota(Nature Publishing Group, 2018) Demircan, Turan; Ovezmyradov, Guvanch; Yıldırım, Berna; Keskin, İlknur; İlhan, Ayşe Elif; Fesçioğlu, Ece Cana; Öztürk, Gürkan; Yıldırım, SüleymanAxolotl (Ambystoma mexicanum) is a critically endangered salamander species and a model organism for regenerative and developmental biology. Despite life-long neoteny in nature and in captive-bred colonies, metamorphosis of these animals can be experimentally induced by administering Thyroid hormones (THs). However, microbiological consequences of this experimental procedure, such as host microbiota response, remain largely unknown. Here, we systematically compared host bacterial microbiota associated with skin, stomach, gut tissues and fecal samples, between neotenic and metamorphic axolotls based on 16S rRNA gene sequences. Our results show that distinct bacterial communities inhabit individual organs of axolotl and undergo substantial restructuring through metamorphosis. Skin microbiota among others, shifted sharply, as highlighted by a major transition from Firmicutes-enriched to Proteobacteria-enriched relative abundance and precipitously decreased diversity. Fecal microbiota of neotenic and metamorphic axolotl shared relatively higher similarity, suggesting that diet continues to shape microbiota despite fundamental transformations in the host digestive organs. We also reproduced the previous finding on reduction in regenerative capacity in limbs of axolotl following metamorphosis, highlighting the need to investigate whether shifts in microbiota is causally linked to regenerative capacity of axolotl. The initial results on axolotl microbiota provide novel insights into microbiological aspects of axolotl metamorphosis and will establish a baseline for future in-depth studies.Öğe Fare östrus siklusu'nun farklı fazlarında plin2 ve plin3 ekspresyonu(2016) Keskin, İlknur; Demircan, Turan; Bedri, Nejda; Köroğlu, NadiyeGiriş: Puberteye kadar birinci mayozun profaz evresinde bekleyen primordiyal foliküllerden birkaçı puberte ile birlikte, hormonal uyarı altında her ay tekrarlayan bir serüvene başlar. Bu süreçte ovaryumun stromal hücreleri de farklılaşarak, lipid droplet (LD) açısından zengin teka hücrelerine farklılaşırlar. Farede bu süreç çok kısadır ve ortalama 4 günde tamamlanır. Hücre içi sitoplazmik yapılar olan LD’ler, hücre içi birçok olayda enerji kaynağı olarak karşımıza çıkmaktadır. Perilipin yağ damlacıklarının yüzeyine lokalize olan fosforilasyon bağımlı bir proteindir ve LD’leri hormona duyarlı lipazın etkisinden korur. Materyal-Metot: Seksüel olarak matür, düzenli östrus siklusuna sahip 24 adet dişi fare vajinal smear sonuçlarına göre 4 gruba ayrıldı; proöstrus, östrus, metöstrus, ve diöstrus. Sakrifiye edilen farelerin overleri alındı. Bir over Hematoksilen Eozin boyama ve PLIN2- PLIN3 çift floresan boyama için, diğer over ise Western Blot analiz için kullanıldı. Bulgular: Western Blot analiz sonuçlarına göre PLIN2 ekspresyonu en fazla diöstrus, PLIN3 ekspresyonu ise en fazla diöstrus ve proöstrus fazında ölçüldü. Proöstrus antral folikül oositinde PLIN3 ekspresyonunun aynı gruptaki faklı hücre gruplarına göre anlamlı olarak daha fazla olduğu saptandı (p<0,05). Östrus antral folikül oositinde eksprese olan PLIN3 atretik folikül PLIN3 ekspresyonuna göre anlamlı olarak daha yüksek ölçüldü (p=0,031). Sekonder folikül granüloza hücrelerinde diöstrus fazında PLIN3 ekspresyonu proöstrus (p=0,000), östrus (p=0,001) ve metöstrus (p=0,023) fazlarından anlamlı olarak daha yüksek saptandı. Sekonder folikül oositinde PLIN3 ekspresyonu diöstrus fazında metöstrus fazından anlamlı olarak daha yüksek saptandı. Preantral folikül granüloza hücrelerinde eksprese olan PLIN3’ün östrus fazında proöstrus (p=0,005), metöstrus (p=0.045) ve diöstrus (p=0,025) fazlarına göre anlamlı derecede daha yüksek olduğu saptandı. Atretik folikül granüloza hücrelerinden eksprese olan PLIN3 miktarının östrus fazında proöstrus fazına göre anlamlı olarak daha yüksek olduğu görüldü (p=0.023). Tartışma: Komleks bir süreç olan oosit matürasyonu, ovulasyon ve fertilizasyon aşamalarında gelişen olaylar enerji gerektirir. Bu süreçte hücre içi lipid mobilizasyonunu düzenleyen yollar ile oositi aktive eden yolların yakından ilişkili olduğu çeşitli çalışmalarla ortaya konmuştur. Biz de çalışmamızda östrus siklusunu oluşturan dört fazda PLIN2 ve PLIN3 ekspresyonlarının fazlar arasında ve aynı faz içinde farklı hücre gruplarında ekspresyon farklılıkları gösterdiklerini gösterdik. Bu da bize bu düzenleme ile oosit ve granüloza hücrelerinin enerji ihtiyacına göre perilipin ekspresyonunu ayarladığını ve enerji rezervini koruduğunu göstermiştir.Öğe Integrative analysis of axolotl gene expression data from regenerative and wound healing limb tissues(Nature Research, 2019) Sibai, Mustafa; Parlayan, Cüneyd; Tuğlu, Pelin; Öztürk, Gürkan; Demircan, TuranAxolotl (Ambystoma mexicanum) is a urodele amphibian endowed with remarkable regenerative capacities manifested in scarless wound healing and restoration of amputated limbs, which makes it a powerful experimental model for regenerative biology and medicine. Previous studies have utilized microarrays and RNA-Seq technologies for detecting differentially expressed (DE) genes in different phases of the axolotl limb regeneration. However, sufficient consistency may be lacking due to statistical limitations arising from intra-laboratory analyses. This study aims to bridge such gaps by performing an integrative analysis of publicly available microarray and RNA-Seq data from axolotl limb samples having comparable study designs using the "merging" method. A total of 351 genes were found DE in regenerative samples compared to the control in data of both technologies, showing an adjusted p-value < 0.01 and log fold change magnitudes >1. Downstream analyses illustrated consistent correlations of the directionality of DE genes within and between data of both technologies, as well as concordance with the literature on regeneration related biological processes. qRT-PCR analysis validated the observed expression level differences of five of the top DE genes. Future studies may benefit from the utilized concept and approach for enhanced statistical power and robust discovery of biomarkers of regeneration.Öğe Longitudinal 16S rRNA data derived from limb regenerative tissue samples of axolotl ambystoma mexicanum(Nature Publishing Group, 2019) Demircan, Turan; İlhan, Ayşe Elif; Ovezmyradov, Guvanch; Öztürk, Gürkan; Yıldırım, SüleymanThe Mexican axolotl (Ambystoma mexicanum) is a critically endangered species and a fruitful amphibian model for regenerative biology. Despite growing body of research on the cellular and molecular biology of axolotl limb regeneration, microbiological aspects of this process remain poorly understood. Here, we describe bacterial 16S rRNA amplicon dataset derived from axolotl limb tissue samples in the course of limb regeneration. The raw data was obtained by sequencing V3-V4 region of 16S rRNA gene and comprised 14,569,756 paired-end raw reads generated from 21 samples. Initial data analysis using DADA2 pipeline resulted in amplicon sequence variant (ASV) table containing a total of ca. 5.9 million chimera-removed, high-quality reads and a median of 296,971 reads per sample. The data constitute a useful resource for the research on the microbiological aspects of axolotl limb regeneration and will also broadly facilitate comparative studies in the developmental and conservation biology of this critically endangered species.Öğe Metamorfik ve neotenik aksolotllar'ın metagenomiks analizinin yapılması ve karşılaştırılması(İstanbul Medipol Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2017) Yıldırım, Berna; Demircan, TuranMemelilerin, doku ve organlarındaki kısıtlı rejenerasyon yeteneğine karşılık Amfibiler (Aksolotl ve Newt) kaybettikleri doku ve organlarını rejenere edebilmektedirler. Mikrobiyotanın, konak canlının metabolizma ve enerjisinin düzenlenmesine olan katkısının keşfedilmesinin ardından, hangi mekanizmayı nasıl etkilediği merak konusu olmuştur. Yapılan araştırmalarla mikrobiyotanın, coğrafik köken, yaş, beslenme şekli ve dış etkenlerle türden türe hatta aynı tür içindeki bireyden bireye farklılık gösterdiği gösterilmiştir (1). Mikroorganizmaların konak canlılara olan birçok fizyolojik etkileri düşünüldüğünde, doğada kendi kendine metamorfoz geçiremeyen Aksolotlun indüklenme ile metamorfoz geçirdikten sonra canlıdaki mikroorganizmaların varlığı ve etkileri bizim için merak konusu olmuştur. Beslenme ve ortam koşulları sabit tutulursa, sadece metamorfozla mikrobiyom değişir hipoteziyle, metamorfoz öncesi ve sonrasında var olan mikrobiyota farklılığını incelemek adına tiroksin hormonu ile metamorfoza indüklediğimiz metamorfik Aksolotlların ve aynı sayıda Neotenik Aksolotlların bağırsak, mide, dışkı ve deri örneklerinde bulunan mikroorganizmalar ve yoğunlukları incelenmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda; neotenik Aksolotl derisinde en çok görülen filumlar; Firmicutes ve Bacteroidetes, neotenik midesinde Proteobacteria ve Firmicutes, neotenik bağırsağında Firmicutes ve Verrucomicrobia, neotenik fekal maddesinde Bacteroides ve Firmicutes'tir. Metamorfik Aksolotl derisinide en çok görülen filumlar; Proteobacteria ve Actinobacteria, metamorfik midesinde Proteobacteria ve Cyanobacteria, metamorfik bağırsağında Firmicutes ve Bacteroideres, metamorfik fekal maddesinde Bacteroidetes ve Firmicutes'tir.Öğe Microbiome and longevity: High abundance of longevity-linked muribaculaceae in the gut of the long-living rodentspalax leucodon(Mary Ann Liebert Inc, 2020) Sibai, Mustafa; Altuntaş, Ebru; Yıldırım, Berna; Öztürk, Gürkan; Yıldırım, Süleyman; Demircan, TuranWith a world population living longer as well as marked disparities in life expectancy, understanding the determinants of longevity is one of the priority research agendas in 21st century life sciences. To this end, the blind mole-rat (Spalax leucodon), a subterranean mammalian, has emerged as an exceptional model organism due to its astonishing features such as remarkable longevity, hypoxia and hypercapnia tolerance, and cancer resistance. The microbiome has been found to be a vital parameter for cellular physiology and it is safe to assume that it has an impact on life expectancy. Although the unique characteristics ofSpalaxmake it an ideal experimental model for longevity research, there is limited knowledge of the bacterial composition ofSpalaxmicrobiome, which limits its in-depth utilization. In this study, using 16S rRNA amplicon sequencing, we report the gut and skin bacterial structure ofSpalaxfor the first time. The diversity between fecal and skin samples was manifested in the distant clustering, as revealed by beta diversity analysis. Importantly, the longevity-linked Muribaculaceae bacterial family was found to be the dominating bacterial taxa inSpalaxfecal samples. These new findings contribute toward further development ofSpalaxas a model for longevity research and potential linkages between microbiome composition and longevity.Öğe Positioning Europe for the epitranscriptomics challenge(Taylor and Francis Inc., 2018) Jantsch, Michael F.; Quattrone, Alessandro; O'Connell, Mary; Helm, Mark; Frye, Michaela; Macias-Gonzales, Manuel; Ohman, Marie; Ameres, Stefan; Willems, Luc; Fuks, Francois; Oulas, Anastasis; Vanacova, Stepanka; Nielsen, Henrik; Bousquet-Antonelli, Cecile; Motorin, Yuri; Roignant, Jean-Yves; Balatsos, Nikolaos; Dinnyes, Andras; Baranov, Pavel; Kelly, Vincent; Lamm, Ayelet; Rechavi, Gideon; Pelizzola, Mattia; Liepins, Janis; Kholodnyuk, Irina Holodnuka; Zammit, Vanessa; Ayers, Duncan; Drablos, Finn; Dahl, John Arne; Bujnicki, Janusz; Jeronimo, Carmen; Almeida, Raquel; Neagu, Monica; Costache, Marieta; Bankovic, Jasna; Banovic, Bojana; Kyselovic, Jan; Valor, Luis Miguel; Selbert, Stefan; Pir, Pinar; Demircan, Turan; Cowling, Victoria; Schaefer, Matthias; Rossmanith, Walter; Lafontaine, Denis; David, Alexandre; Carre, Clement; Lyko, Frank; Schaffrath, Raffael; Schwartz, Schraga; Verdel, Andre; Klungland, Arne; Purta, Elzbieta; Timotijevic, Gordana; Cardona, Fernando; Davalos, Alberto; Ballana, Ester; O'Carroll, Donal; Ule, Jernej; Fray, RupertThe genetic alphabet consists of the four letters: C, A, G, and T in DNA and C,A,G, and U in RNA. Triplets of these four letters jointly encode 20 different amino acids out of which proteins of all organisms are built. This system is universal and is found in all kingdoms of life. However, bases in DNA and RNA can be chemically modified. In DNA, around 10 different modifications are known, and those have been studied intensively over the past 20years. Scientific studies on DNA modifications and proteins that recognize them gave rise to the large field of epigenetic and epigenomic research. The outcome of this intense research field is the discovery that development, ageing, and stem-cell dependent regeneration but also several diseases including cancer are largely controlled by the epigenetic state of cells. Consequently, this research has already led to the first FDA approved drugs that exploit the gained knowledge to combat disease. In recent years, the similar to 150 modifications found in RNA have come to the focus of intense research. Here we provide a perspective on necessary and expected developments in the fast expanding area of RNA modifications, termed epitranscriptomics.
