Genetic polymorphisms in 15 STR loci in the Turkish population living in İstanbul province

Abstract

Objective: Short tandem repeats (STRs) are short sequences of nucleotides that are repeated and distributed all over the genome. These polymorphisms enable investigation of the forensic, ancestral lineage and evolutionary studies in human population. Owing to the historical migration and ethnic groups, it is very valuable to evaluate genetic distances in Turkey. The aim of the present study is to examine the STR data of Istanbul and compare the genetic distances and allele frequency with the previously published data of 27 countries from Europe, Asia, America, Africa and Middle East. Material and Method: Peripheral blood samples were obtained from 400 healthy individuals. DNA samples were amplified using a commercial kit. Multiplex STR-PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) was used and the amplicons were evaluated on an ABI 3130 Genetic Analyzer. Results: Among all loci, D21S11 and D18S51 were the most polymorphic loci. The power of discrimination (PD) ranged from 0.8329 (TPOX) to 0.9722 (D18S51). The combined PD and probability of exclusion (PE) were found to be >0.99999999 and 0.99999671, respectively. Conclusion: In this study, six STR markers were selected to compare the genetic distances and allele frequency of the present results with the results of twenty-seven studies which were published previously. This study indicates that the population in Turkey is an intermediate between Europe, Middle East and Central Asia.

Amaç: Kısa ardışık tekrarlar (STR), tekrarlanan ve genomun her yerine dağılan kısa nükleotid dizileridir. Bu polimorfizmler, insan popülasyonunda adli tıp, ata soyları ve evrim çalışmalarının araştırılmasını sağlar. Tarihsel göç ve etnik gruplar nedeniyle Türkiye'deki genetik mesafelerin değerlendirilmesi çok değerlidir. Bu çalışmanın amacı, İstanbul'un STR verilerini incelemek ve aynı zamanda, Avrupa, Asya, Amerika, Afrika ve Orta Doğu'dan 27 ülkenin daha önce yayınlanmış verilerini kullanarak genetik mesafeleri ve alel frekansını karşılaştırmaktır. Materyal ve Metot: Dörtyüz sağlıklı kişiden periferik kan örnekleri toplandı. DNA örnekleri ticari bir kit kullanılarak çoğaltıldı. Multiplex STR-PCR (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) yöntemi kullanıldı ve amplikonlar ABI 3130 Genetic Analyzer’da değerlendirildi. Bulgular: D21S11 ve D18S51 lokusları hepsinin içinde en polimorfik lokuslardı. Ayrımcılık gücü 0,8329 (TPOX) ile 0,9722 (D18S51) arasındaydı. Birleşik ayrımcılık gücü ve dışlama olasılığı sırasıyla >0,99999999 ve 0,99999671 idi. Sonuç: Bu çalışmada, mevcut sonuçların genetik mesafeleri ve allel frekansı açısından altı STR belirteci seçildi ve daha önce yayınlanmış yirmi yedi çalışmanın verileri ile karşılaştırıldı. Sonuçlar Türkiye'deki nüfusun Avrupa, Orta Doğu ve Orta Asya arasında bir ara bölge olduğunu göstermektedir.