COVID-19 pozitif hastalarda SARS-CoV-2 varyantlarının prevalansı

Abstract

Amaç: Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından alfa (B.1.1.7), beta (B.1.351), gamma (P.1), delta (B.1.617.2) ve omic - ron (B.1.1.529) endişe verici varyantlar (“variants of concern – VOCs”) olarak sınıflandırılmıştır. Çalışmamızda, COVID-19 polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) testi pozitif saptanan hastalarda VOCs’un dağılımının geriye dönük olarak değerlendirilmesi amaçlandı. Yöntemler: Nisan 2021-31 Aralık 2021 tarihleri arasında COVID-19 PCR test istemiyle klinik örnekleri gönderilen 4260 hasta çalışmaya dahil edildi. Örnekleri değerlendirilen hastaların 2173 (%51)’ü erkek 2087 (%49)’si kadındı. Na - zofarengeal sürüntü, bronkoalveolar lavaj, trakeal aspirat örnekleri viral nükleik asit tamponu (vNAT) ile muamele edilerek viral nükleik asit izolasyonu gerçekleştirildi. SARS-CoV-2 varyantları; ORF1ab ve N gen bölgelerinin yanı sıra yalnızca B.1.1.7, B.1.351 ve P.1’de bulunan varyant spesifik genom bölgelerini de hedefleyen Bio-Speedy ® SARS-CoV-2 Variant Plus kiti (Bioeksen AR-GE Teknolojileri, Türkiye) ile saptandı. Alfa varyantı tespiti için N D3L mutasyonu - nu, delta varyantının tespiti için S L452R mutasyonunu ve çoğunlukla gamma ve mu varyantlarında görülen S E484K mutasyonunu hedefleyen Bio-Speedy ® SARS-CoV-2 Emerging Plus kiti (Bioeksen Ar-Ge Teknolojileri, Türkiye) ve CFX96 DX Real-Time PCR sistemleri (Bio-Rad Laboratories, ABD) kullanıldı. Bulgular:Toplam 4260 örneğin 773 (%18.14)’ünde SARS-CoV-2 RT-PCR pozitifliği; pozitif örneklerin 316 (%40.88)’sında ise farklı SARS-CoV-2 varyantları saptandı. Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (“real-time polymerase chain reaction – RT-PCR”) testi pozitif hastaların 407 (%52.65)’si kadın olup yaş ortalaması 41.7 idi. Hastaların 457 (%59.12)’sinde herhangi bir varyant tipi saptanmazken 156 (%20.18)’sında alfa, 137 (%17.72)’sinde delta varyantı saptandı. Sonuç: Çalışmamızda, Nisan-Haziran döneminde alfa varyantının baskın olduğu, Temmuz ayından yıl sonuna kadar ise delta varyantının baskın hale geldiği tespit edildi. Kasım 2021’in sonlarına doğru azalan delta varyant oranları ve artan diğer varyant şüpheli olgular çoğu ülkede geniş yayılım gösteren omicron varyantını düşündürmektedir. Artış eğilimini göz önüne aldığımızda, ülkemizde Kasım 2021’den itibaren omicron varyantının baskın olduğunu tahmin etmekteyiz. Bu bağlamda epidemiyolojik veriler ışığında planlanmış, bölgesel ve küresel çapta varyantların sıklığını ve genomik analizlerini irdeleyen moleküler sürveyans çalışmalarının yapılması gerekmektedir.

Objective: Of the existing variants, alpha (B.1.1.7), beta (B.1.351), gamma (P.1), delta (B.1.617.2), and omicron (B.1.1.529) were defined as variants of concern (VOCs) by World Health Organization. We aimed to retrospectively assess the distribution of VOCs in patients with positive COVID-19 real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) test. Methods: Between April 2021 and December 31, 2021, 4260 patients whose clinical samples were sent with a COVID-19 PCR test request were included in the study. Of the patients whose samples were evaluated, 2173 (51%) were male, and 2087 (49%) were female. Viral nucleic acid isolation was performed by treating nasopharyngeal swabs, bronchoal-veolar lavage, and tracheal aspirate samples with viral nucleic acid buffer (vNAT). SARS-CoV-2 variants were detected by Bio-Speedy® SARS-CoV-2 Variant Plus kit (Bioeksen AR-GE Technologies, Turkey), which targets variant-specific genome regions only found in B.1.1.7, B.1.351, and P.1 as well as ORF1ab and N gene regions. We used Bio-Speedy® SARS-CoV-2 Emerging Plus kit and CFX96 DX real-time PCR system to detect SARS-Cov-2 variants; N D3L mutation was targeted to detect the alpha variant, SL452R mutation to detect the delta variant, and S E484K mutation, which is widespread, to detect the gamma and the mu variants. Results: SARS-CoV-2 RT-PCR was positive in 773 (18.14%) of 4260 samples, and different SARS-CoV-2 variants were detected in 316 (40.88%) of positive samples. 407 (52.65%) of the patients with real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) positive test were women, and the mean age was 41.7 years. While no variant type was detected in 457 (59.12%) of the patients, the alpha variant was detected in 156 (20.18%) and the delta variants in 137 (17.72%) patients. Conclusion: In our study, we found that the alpha variant was the dominant type in April, May, and June, and the delta variant became dominant as of July until the end of the year. Decreased rates of delta variants towards the end of 2021 and an increase in the other variants suggest the omicron variant, widely spread globally. Therefore, we believe that the omicron variant has been our country’s dominant type since November 2021. In conclusion, molecular surveillance studies that are planned in the light of epidemiological data and assessment of the frequency and genomic analyzes of regional and global variants are required.