Metamorfik ve neotenik aksolotllar'ın metagenomiks analizinin yapılması ve karşılaştırılması

Abstract

Memelilerin, doku ve organlarındaki kısıtlı rejenerasyon yeteneğine karşılık Amfibiler (Aksolotl ve Newt) kaybettikleri doku ve organlarını rejenere edebilmektedirler. Mikrobiyotanın, konak canlının metabolizma ve enerjisinin düzenlenmesine olan katkısının keşfedilmesinin ardından, hangi mekanizmayı nasıl etkilediği merak konusu olmuştur. Yapılan araştırmalarla mikrobiyotanın, coğrafik köken, yaş, beslenme şekli ve dış etkenlerle türden türe hatta aynı tür içindeki bireyden bireye farklılık gösterdiği gösterilmiştir (1). Mikroorganizmaların konak canlılara olan birçok fizyolojik etkileri düşünüldüğünde, doğada kendi kendine metamorfoz geçiremeyen Aksolotlun indüklenme ile metamorfoz geçirdikten sonra canlıdaki mikroorganizmaların varlığı ve etkileri bizim için merak konusu olmuştur. Beslenme ve ortam koşulları sabit tutulursa, sadece metamorfozla mikrobiyom değişir hipoteziyle, metamorfoz öncesi ve sonrasında var olan mikrobiyota farklılığını incelemek adına tiroksin hormonu ile metamorfoza indüklediğimiz metamorfik Aksolotlların ve aynı sayıda Neotenik Aksolotlların bağırsak, mide, dışkı ve deri örneklerinde bulunan mikroorganizmalar ve yoğunlukları incelenmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda; neotenik Aksolotl derisinde en çok görülen filumlar; Firmicutes ve Bacteroidetes, neotenik midesinde Proteobacteria ve Firmicutes, neotenik bağırsağında Firmicutes ve Verrucomicrobia, neotenik fekal maddesinde Bacteroides ve Firmicutes'tir. Metamorfik Aksolotl derisinide en çok görülen filumlar; Proteobacteria ve Actinobacteria, metamorfik midesinde Proteobacteria ve Cyanobacteria, metamorfik bağırsağında Firmicutes ve Bacteroideres, metamorfik fekal maddesinde Bacteroidetes ve Firmicutes'tir.

After discovery of the contribution of microbiota to the regulation of host organism's metabolism and energy, it has become a matter of curiosity about which mechanisms it affects. It has been shown that microbiota varies according to geographical origin, age, feeding, external factors, species and even between individuals within the same species (1). Amphibians (Axolotl and Newt) can regenerate their lost tissues and organs, as opposed to the mammalians which have limited regeneration ability of tissues and organs. It is considered that microbiata have physiological effects to host organism and axolotl could not undergo metamorphosis itself than the existence and effects of living organisms after metamorphosis has become a matter of concern. In this study, we aimed to investigate the variation of microbiota in axolotls before and after metamorphosis without changing the nutritional and ambient conditions. In order to monitor this microbiota difference, the variety of microorganisms and their densities in the intestine, stomach, stool and skin of the neotenic and metamorphic axolotl's were investigated. In this thesis, analysis of microbial structures' dynamics and where and how they act on host mechanisms have been performed. As a result of the study; it has been found that the most common phylums on the neotenic Axolotl's skin are Firmicutes and Bacteroidetes, in neotenic stomach Proteobacteria and Firmicutes, in the neotenic intestine Firmicutes and Verrucomicrobia, in the neotenic fecal material Bacteroidetes and Firmicutes. The most common phylums on the metamorphic Axolotl's skin are Proteobacteria and Actinobacteria, in the metamorphic stomach Proteobacteria and Cyanobacteria, in the metamorphic intestine Firmicutes and Bacteroidetes, in the metamorphic fecal material Bacteroidetes and Firmicutes.